בחודש האחרון חלה התדרדרות במצבו הרפואי של הרב והוא נאלץ לעבור סדרת טיפולים קשים. לפני כשבועיים עבר הרב בהצלחה ניתוח מסובך שנערך באופן בהול להסרת גידול ממאיר בראשו ובתחילת החודש הקודם, עבר ניתוח ארוך שנמשך למעלה מ-6 שעות להסרת גידול סרטני בערמונית וגרורות במקומות שונים בגוף, שבעקבותיו חלה הסתבכות רפואית, אך לא נשקפה סכנה מידית לחיי הרב.
לדברי מקורבי הרב, הרופאים מתכוונים לבצע ברב טיפול רפואי מאומץ הכולל טיפולים כימותרפיים אגרסיביים כדי למנוע את התפשטות המחלה בגופו.
לפני כניסתו לניתוח הקודם, שיגר הרב איגרת נרגשת לחסידיו בה כתב: "אחיי ורעיי האהובים והחביבים, ימים רבים גזרנו על עצמנו שתיקה ולא כתבנו את דבר תורה היומי, אך אומרים אנו לכל בני קהילתנו: חפץ ה' בידינו יצליח, עוד ינובון בשיבה דשנים ורעננים יהיו. ובע"ה לא נחזיר את נשמתנו לבורא עולם עד אשר יוודע צדקינו, הרבה שלוחים למקום, והצער ועינוי הנפש אשר אנו ובני משפחתנו סובלים יהיה כפרה על כלל ישראל. מתפללים אנו בשברון הלב שהקב"ה ישיב לב אבות על בנים ולב בנים על אבותם. מבקשים אנו בנמיכות קומה ובלב נשבר להעתיר בעדי, והן קל כביר ולא ימאס תפילת רבים. ושנזכה לצאת לחיים ולבריאות ולראות בשמחת וטובת כל אהובי. ה' ה' קל רחום וחנון ארך אפים וגו'".
חסידי הרב קיימו בתחילת חודש אדר עצרת תפילה ברחבת הכותל המערבי, לרפואתו השלמה של הרב. בין המשתתפים היו ראשי ישיבות מאשדוד ואשקלון המקורבים לרב.
בקהילת 'שובה ישראל' קוראים לציבור להרבות בשעות הקרובות ובימים הבאים בתפילות ובקריאת פרקי תהילים למען רפואתו והחלמתו המלאה והמהירה של הרב פינטו.